デフォルトのオーディオフォーマットはどうやって決めればいいですか？

理論的には、ナイキストの定理は、与えられたサンプリングレートが、その半分以下の周波数を正確に再現できることを教えてくれます。人間の聴覚の範囲は20kHzを超えることはないので、実際には成人の人間にとっては19kHz以下であると思われますが、44.1kHzは十分すぎるほど適切です。

しかし、ここでは不完全なハードウェアを扱っているため、その答えはサウンドカードのネイティブサンプルレートに依存します。異なるレートを選択した場合、ハードウェアではアップサンプリング（96kHzを選択した場合はダウンサンプリング）されますが、それがどのように行われるかによっては、音質の低下を引き起こす可能性があります。

ほとんどの統合型オーディオハードウェアのネイティブサンプルレートは48kHzだと思いますので、ソフトウェアアルゴリズムは安価な統合型ハードウェアよりも優れている可能性が高いので、すべてをそのレートにリサンプルするのがベストでしょう。

ほとんどの最新のサウンドカードは、品質を損なうことなく、最も一般的なサンプリング周波数（あなたが言及したもの）をネイティブにサポートすることができます。そして、user55325さんが述べているように、44.1kHz以上の周波数は人間の耳にはあまり必要ありません。デジタルオーディオで経験する品質損失のほとんどは、デジタルサウンドからアナログへの変換後に始まり、使用するフィルター（良いデジタル-アナログ変換には、高周波数のデジタル化効果を除去するフィルターが必要です）、アンプ、そして最も重要なスピーカー（またはヘッドフォンか…）に依存しています。このオーディオファイル（MP3、WMA、Flac …）に圧縮を使用している場合、ほとんどの場合（ロスレス圧縮フォーマットを使用している場合を除く）、この圧縮は選択したサンプリング周波数よりも品質に影響を与えます。

圧縮を使用しない場合（またはロスレス圧縮を使用する場合）、私はファイルを入手した時の形式のままにしておきます。サンプリング周波数を操作すると、品質に多少の劣化が生じるからです（ダウンサンプリング＝高い周波数から低い周波数へのダウンサンプリングで最も顕著に現れます。アップサンプリングはファイルが大きくなるというデメリットもありますので、同じファイルを保持するためにはより多くのディスクスペースが必要になります。

96kHzのファイルについて：96kHzのファイルは処理のために完全に使用することができます。これはスタジオがレコーディング（ほとんどのマルチトラック）を行い、CD（44.1kHz）や映画（48kHz）に収録する際に使用するフォーマットの一つです。あなたがこのフォーマットでそれらを持っているとき、私はあなたがディスクスペースを必要とする場合を除いて、このようにそれらを保持するだろうが、私はすべての私のファイルのためのフォーマットとしてそれを使用することはありません。

あなたが絶対に考慮すべきことの一つは、16ビットから24ビットへのアップサンプリングオーディオは、いずれにせよ完全にロスレスなので、少なくとも24ビットに設定することです。(セミモダンな24bitディスプレイで256色のGIFを見るようなものです)