ログイン後にPuTTYでリモートコマンドを実行してシェルを実行し続けるには？

-mが何をするかというと、PuTTYがSSHサーバにシェルの代わりにコマンドを起動するように指示するということです。つまり、コマンドが終了すると、セッションも終了します。

cd コマンドの後にシェルを実行したい場合は、次のように明示的に cmd.txt に追加する必要があります。

cd /my/path ; /bin/bash

また、-m は “nopty”/非インタラクティブモードを意味します。インタラクティブなシェルを使用するには、 -t スイッチ を使ってこれを上書きする必要があります。

putty.exe -ssh example.com -m "c:\path\cmd.txt" -t

あるいは、 KiTTY に -cmd スイッチを付けたものを使用してください。

emacs で起動している tramp セッションと putty 経由で実行しているシェルセッションは完全に別のプロセスです。

emacs の設定の中でホストごとにデフォルトのディレクトリを設定する方法があるかどうか、tramp の設定オプションを確認した方が良いでしょう。tramp-remote-path の設定オプションから始めてみてはいかがでしょうか。

接続を確立するために putty を使う必要がある場合は、おそらく ssh トンネルを設定して、それを使って emacs/tramp に接続させたいと思うでしょう。