2007 フラグを使用してオーディオを削除します。
ffmpeg -i example.mkv -c copy -an example-nosound.mkv
完全な ffmpeg ドキュメント こちら .
おそらく、ビデオを再エンコードしたくないでしょう（遅くて損失の大きいプロセス）ので、試してみてください:
ffmpeg -i [input_file] -vcodec copy -an [output_file]
(n.b. いくつかの Linux ディストリビューションでは、今では avconv fork of ffmpeg が付属しています)
007が存在していてインストールできない場合は、それを試してみてください。